Академія розпочала свою діяльність у січні 2002 року з благословіння Блаженнішого Володимира, Митрополита Київського і всієї України, Предстоятеля Української Православної Церкви у формі приватного вищого начального закладу освіти під назвою Українська Богословська Академія імені святих Кирила і Мефодія.
   29 грудня 2003 року рішенням Священного Синоду Української Православної Церкви Академію визнано вищим духовним навчальним закладом Української Православної Церкви під назвою Ужгородська Українська Богословська Академія імені святих Кирила і Мефодія (журнал № 33 від 29.12.2003 року засідання Священного Синоду УПЦ) зі статусом Духовної Академії.
27 травня 2004 року Статут Ужгородської Української Богословської Академії імені святих Кирила і Мефодія зареєстровано в Державному комітеті України у справах релігії, наказ № 26.
   У березні — квітні 2006 року, з метою здобуття випускни­ками Академії окрім вищої духовної освіти і вищої світсь­кої освіти, з Благословіння Блаженнішого Володимира, Мит­рополита Київського і всієї України, Предстоятеля Україн­ської Православної Церкви Українську Богословську Ака­демію імені святих Кирила і Мефодія (приватний вищий навчальний заклад системи МОН України) реорганізова­но в Карпатський університет імені Августина Волошина (III-IV рівнів державної акредитації), який успішно було ліцен­зовано і акредитовано Міністерством освіти і науки Украї­ни (оскільки згідно з законодавством України про ви­щу освіту духовні навчальні заклади релігійних організацій не підлягають ліцензуванню і акредитації). В подальшому на базі Академії та університету з Благословіння Блаженній­шого Володимира, Митрополита Київського і всієї Украї­ни було створено перший в Україні духовно-навчально-науковий комплекс «Ужгородська Українська Богосло­всь­ка Академія імені святих Кирила і Мефодія (вищий духов­ний навчальний заклад УПЦ) — Карпатський університет імені Августина Волошина (приватний вищий навчальний заклад системи МОН України). Скорочена назва ДННК «УУБА – КаУ». Аналогів такому успішному поєднанню ду­хов­ної та світської освіти в православній Україні на сьогод­нішній день немає.
   6 квітня 2006 року ДННК «УУБА – КаУ» офіційно визнано Міністерством освіти і науки України як цілісний духовно-навчально-науковий комплекс Української Православної Церкви.
   Через ДННК «УУБА-КаУ» випускники Ужгородської Української Богословської Академії імені святих Кирила і Мефодія окрім вищої духовної освіти здобувають і вищу світську освіту за напрямком підготовки «філософія», спеціальністю «богослов’я» (теологія)» за освітньо-кваліфікаційними рівнями бакалавр (базова вища освіта) та магістр (вища освіта), а студенти університету, що навчаються за іншими світськими спеціальностями (філософія, правознавство, психологія, фінанси, філологія, комп’ютерні науки), впродовж усіх років навчання додатково вивчають основи православного богослов’я (зокрема предмети: Катехизис, Святе Письмо Старого Завіту, Святе Письмо Нового Завіту, Основне Богослов’я, Догматичне Богослов’я, Вступ до Літургійного Богослов’я, Моральне Богослов’я, Історія Православної Церкви в Україні, тощо).
   Таким чином, визначені Блаженнійшим Володимиром, Митрополитом Київським і всієї України, Предстоятелем Української Православної Церкви в січні 2002 — березні 2006 років підходи щодо реформування вищої духовної освіти шляхом створення в системі УПЦ духовно-навчально-наукового комплексу «Ужгородська Українська Богословська Академія імені святих Кирила і Мефодія – Карпатський університет імені Августина Волошина» привели станом на сьогодні до таких позитивних результатів:
у вересні-жовтні 2007 року Академія та університет прой­ш­ли сертифікацію щодо здійснення освітньої діяльнос­ті і стали одними з перших у Західному регіоні України чле­нами Міжнародної освітньої організації з центром у м. Лон­доні, через сертифікацію в якій дипломи випускників УУБА та КаУ признаються в країнах Європейського Союзу;
   -за результатами освітньої діяльності 2006-2007 навчального року Карпатський університет імені Августина Волошина за визнанням Міністерства освіти і науки України посів 13 місце серед 64 вищих навчальних закладів недержавної форми власності ІІІ-ІV рівнів державної акредитації;
   -Ужгородська Українська Богословська Академія імені святих Кирила і Мефодія за досягнення в духовно-моральному вихованні і просвітницьку діяльність серед молоді у 2007 році нагороджена премією «Віднайдене покоління» відзначену Святійшим Алексієм ІІ, Патріархом Московським і всієї Русі;
   -у липні 2008 року університет офіційно акредитовано за освітньо-кваліфікаційним рівнем бакалавра за напрямком підготовки «філософія» та вперше в Україні ліцензовано за освітньо-кваліфікаційним рівнем «магістр богослов’я (теології)»;
   -у липні-серпні 2008 року навчальна програма в університеті за освітньо-кваліфікаційним рівнем бакалавра з філософії приведена у відповідність до навчальної програми з напрямку підготовки «богослов’я (теологія)» Академії, що дало можливість в умовах відсутності єдиного державного стандарту з «богослов’я (теології)» впровадити на практиці в життя наказ Міністерства освіти і науки України від 29 квітня 2002 року про внесення до переліку напрямків та спеціальностей підготовки осіб з вищою освітою спеціальності «богослов’я (теологія)» (для ліцензування університету з цього напрямку спеціалістами Академії та університету було розроблено ексклюзивну навчальну програму, комісію з розробки якої очолив Блаженнійший Володимир, Митрополит Київський і всієї України, Предстоятель Української Православної Церкви).
    Випускники Духовних Семінарій мають можливість навчання в магістратурі Академії (тобто на 5 та 6 курсах), після закінчення якої вони отримують науковий ступень магістра богослова та за власним бажанням можуть поступити в докторантуру УУБА для написання та подальшого захисту докторських дисертацій. Випускники Київської та інших Духовних Академій, після навчання в докторантурі та написанні наукового дослідження, мають змогу захищати докторські дисертації.